Опубліковані нині статистичні дані Національного інституту інфекційних захворювань (NICD) Південної Африки дозволяють зробити попередні висновки стосовно заразності та вірулентності нового штаму коронавірусу "омікрон": він значно інфекційніший за попередні варіанти, але викликаний ним ковід протікає в легшій формі. Таку ж думку обережно (щоб не наврочити) висловили кілька міністерств охорони здоров’я в Азіатсько-Тихоокеанському реґіоні, спостерігаючи за станом інфікованих цим штамом прибульців із ПАР: "Поки ще рано робити тверді висновки, але випадки Covid-19, спричинені варіантом Omicron, видаються «м’якими»":
з 25 таких випадків, підтверджених в австралійському штаті Новий Південний Уельс, жоден не був шпиталізований для лікування;
усі 24 підтверджені випадки, викликані "омікроном" в Південній Кореї, є "поки що стабільними та легкими";
випадки в Індії та Сінгапурі "в основному демонструють легкі симптоми", включаючи "біль у горлі, втому та кашель".
Країни, де вже виявлено новий штам коронавірусу
Вперше цей штам був виявлений 9 листопада спочатку в Ботсвані і, ретроспективно, в зразках від 8 листопада – у Південно-Африканській Республіці; 11 листопада його занесли в бази даних; 24 листопада про нову небезпеку повідомили ВООЗ, і вже через два дні ВООЗ класифікувала його як новий, п'ятий, небезпечний штам SARS-CoV-2, надавши йому ім'я "омікрон".
На той час вже було зафіксовано значне зростання захворювань у найбільшій південноафриканській провінції Ґаутенґ (22% населення країни): на 43 тижні (24–30 жовтня) кількість нових випадків там на тисячу населення перевищило середній рівень по республіці, а ще через тиждень зростання перейшло у різку фазу, сягнувши до кінця листопада 80% всіх нових випадків у ПАР; до грудня нова хвиля поширилася на інші провінції країни.
Філогенетичний аналіз показав, що новий штам виник на початку жовтня, проби стічних вод у провінції Ґаутенґ зафіксували зміну рівня коронавірусу на 42 тижні (17–23 жовтня). В самій провінції епіцентр нового спалаху розташований в столичному окрузі Цване, у склад якого входить і адміністративна столиця ПАР Преторія.
Варіант "омікрон" та інші варіанти SARS-CoV-2 на дереві генетичної відстані у радіальному масштабі (Nextstrain)
Варіант "омікрон" має загалом 60 мутацій порівняно з оригінальним вуханьським варіантом – зокрема в спайковому білку, що з одного боку дозволяє вірусу краще зв'язуватися з білком клітини, а з іншого – уникати імунологічного захисту організму, що має антитіла внаслідок перенесеної хвороби чи вакцинації (які, власне, націлені на цей білок у його "дикій" конфігурації).
Різке поширення епідемії в Ґаутенґу, виглядає, підтверджує це припущення: за тиждень кількість нових випадків ковіду там збільшувалась уп'ятеро; від початку грудня швидкість поширення почала дещо зменшуватися.
(грубша лінія – усереднені дані за останній тиждень до попереднього, тонша – дані за день до відповідного дня попереднього тижня)
Із лагом у десять днів подібна динаміка повторилася і в інших провінціях ПАР.
(червона лінія – Ґаутенґ, синя – інші провінції ПАР)
Про більшу трансмісивність нового штаму коронавірусу може свідчити і стрімке зростання частки викликаних "омікроном" нових захворювань за рахунок падіння частки штаму "дельта" (хоча це може пояснюватися і тим, що хвиля викликаної штамом "дельта" епідемії в Південній Африці у листопаді вже завершувалася).
Інше питання стосовно нового вірусу – наскільки він вірулентний, тобто наскільки важку форму ковіду він викликає.
Ось динаміка тижневих випадків нових ковідних захворювань, шпиталізацій та смертей в провінції Ґаутенґ.
Нові за тиждень ковідні захворювання (синя лінія), шпиталізації (бордова лінія) та смерті (чорна лінія)
Як бачимо, темпи збільшення шпиталізацій та смертей значно менші від темпів поширення хвороби.
Тижнева зміна нових випадків ковідних захворювань (синя лінія), шпиталізацій (бордова лінія) та смертей (чорна лінія)
Попередні дані перебігу ковідних захворювань свідчать, що пересічно від виявлення захворювання до шпиталізації (якщо важкість перебігу хвороби її вимагає) проходить приблизно тиждень, а до смерті (якщо вона настає) – приблизно два тижні. Враховуючи ці інтервали, можна розрахувати, скільки нових випадків ковіду закінчуються шпиталізацією, а скільки – смертю. Динаміка відсотків поточних шпиталізацій та смертності зображена на діаграмі.
Поточна ковідна шпиталізація (синя і блакитна лінії) і смертність (бордова і червона лінії), світліша барва відповідає періоду поширення штаму "омікрону"
Навіть побіжний аналіз цієї динаміки вказує, що "омікрон" викликає легшу форму ковіду. Одним із пояснень цього спостереження була інша вікова структура інфікованих "омікроном". Але аналіз поточної смертності вказує на те, що летальність нової хвилі ковідних захворювань у ПАР зменшується у всіх вікових групах.
Очевидно, минув лише місяць від виявлення нового штаму, й оптимістичні висновки, що з'явились, – мовляв, нарешті легша форма ковіду, яка витіснить всі інші, – ще надто поспішні.
Залишається, зокрема, невідомим вплив вакцинації та вже перенесеного ковіду на захищеність від нового штаму – існує лиш єдина в цьому плані робота з аналізом ситуації в ПАР до 27 листопада, яка показує, що ризик повторної інфекції в листопаді виріс до рівня 24–32% від ризику заразитися вперше.
Однак, різке поширення "омікрону" в Європі дасть багато матеріалу для висновків ще до кінця цього року.
07.12.2021