Вчора технічна консультативна група з еволюції вірусу SARS-CoV-2, незалежна група експертів, яка відстежує еволюцію SARS-CoV-2 та оцінює, чи змінюють конкретні мутації і комбінації мутацій поведінку вірусу, повідомила ВООЗ про небезпечні зміни в епідеміології COVID-19, викликані штамом коронавірусу B.1.1.529, внаслідок чого прийнято рішення надати йому статус варіанта, що викликає занепокоєння, та назвати його "омікрон".
Всього існує три статуси небезпеки різних варіантів вірусу:
1) варіанти, що не становлять підвищених ризиків для глобального громадського здоров'я,
2) варіанти спостереження (Variants of Interest, VOI) – якщо в порівнянні з еталонним ізолятом новий геном має мутації зі встановленими або підозрюваними фенотиповими наслідками;
3) варіанти занепокоєння (Variants of Concern, VOC) – що викликають:
– підвищення трансмісивності чи негативних змін в епідеміології COVID-19;
– або підвищення вірулентності чи зміну клінічної картини захворювання;
– або зниження ефективності заходів громадської охорони здоров'я та соціальних заходів чи доступних діагностичних, вакцинаційних та терапевтичних засобів;
До вчорашнього дня було чотири штами зі статусом занепокоєння:
альфа ("британський", виявлений у вересні минулого року, VOC від 18.12.2020),
бета ("південноафриканський", виявлений в травні минулого року, VOC від 18.12.2020),
гамма ("бразильський", виявлений в листопаді минулого року, VOC від 11.01.2021),
дельта ("індійський", виявлений в жовтні минулого року, VOC від 11.05.2021).
У всіх цих випадках минало кілька місяців від виявлення нового штаму до визначення його варіантом занепокоєння, у випадку ж B.1.1.529 (тепер омікрон) минуло лиш два тижні. І це викликає тривогу.
Така оперативність викликана незвичайно великою (біля п'ятдесяти) кількістю мутацій без проміжних варіантів та потенційно небезпечним розташуванням цих мутацій:
35 – в S-білку, що використовується коронавірусом для входу в клітину (що власне утворює "корону" вірусу),
з них 10 – безпосередньо в частині, мотивом (біологічною функцією) якої є зв'язатися з ангіотензинперетворюючим ферментом 2 (ACE2), білком на поверхні людських клітин – тобто там, де відбувається зв'язування вірусу з білком клітини.
Це може зробити новий штам вірусу більш заразним і менш чутливим на дію нейтралізуючих антитіл (антиковідні вакцини калібровані власне на цей S-білок у його первісному варіанті).
Ці підозри про більшу контагіозність (заразність) "омікрону" посилюються спалахом захворюваності в ПАР, де він швидко витіснив панівний там, як і у практично всьому світі, варіант "дельта".
Збільшення тижневої кількості нових захворювань (в першому наближенні відносна зміна нових інфікованих коронавірусом за тиждень вказує на рівень базового репродукційного числа R₀ – показника степені експонентної динаміки епідемії, тобто скількох осіб пересічно інфікує кожен інфікований) в ПАР різко прискорилося.
Відношення тижневої кількості нових випадків ковіду до кількості попереднього тижня в ПАР
Якщо бути точнішим, то спалах спостерігається в одній південноафриканській провінції Ґаутенґ (1,4% території та 22% населення) навколо адміністративної столиці країни. Тут кількість нових випадків за останній тиждень збільшилось майже у 9 разів (попереднього тижня збільшення було 2,4 раза), число активно хворих у цій провінції за останні три тижні збільшилося в 14 разів, водночас на решті території країни це число продовжує спадати.
Власне цей феномен і привернув увагу епідеміологів, які взялися секвенувати геноми вірусу, і виявилося, що практично всі прочитані в провінції – це новий варіант B.1.1.529, вперше ідентифікований 9 листопада у Ботсвані.
Те, що спалах "омікрону" обмежений однією провінцією, вселяє певну надію, що він може бути локальним, неконкурентним із розповсюдженням "дельти", а тому робити висновки про більшу заразність нового штаму передчасно.
З'ясувалося, що, як і у випадку "альфа"-варіанта, омікрон можна виявити застосовуваним у ПАР звичайним британським ПРЛ-тестом TaqPath. Варіант B.1.1.529 має мутацію, яка "вимикає" одну з трьох точок ампліфікації в тесті, тобто якщо тест дає позитивний результат у двох точках і негативний – в одній, то це сигналізує про "омікрон"-варіант без секвенування вірусу.
Проаналізувавши попередні дані, епідеміологи виявили, що поширення варіанта "омікрон" почалося на початку листопада майже одночасно в різних провінціях, а відсутність різкого зростання поза Ґаутенґом може свідчити про те, що стрибок там – результат інфікування так званим "суперрозповсюджувачем".
Голова південноафриканського Центру епідеміологічного реагування професор Туліо де Олівейра, повідомляючи про новий штам, зазначив, що "цей варіант здивував. Він зробив великий еволюційний стрибок і пройшов близько 50 мутацій".
Професор Франсуа Баллу, генетик із Університетського коледжу Лондона, вказав, що відсутність проміжних варіантів може бути пов'язана із затяжною інфекцією у пацієнта з ослабленим імунітетом (як і у випадку виникнення "британського" варіанту "альфа") – можливо, зазначив він, у когось із не діагностованим СНІДом.
Професор Університету Мічигану в Енн-Арбор Олексій Кондрашов, спеціаліст у галузі еволюційної біології, який спеціалізується на вивченні закономірностей мутаційного процесу, так прокоментував цю ситуацію: "Хворі на хронічний ковід становлять страшну небезпеку – власне яко біореактори, в яких ковід підлягає еволюційним експериментам. Лікувати їх треба тільки в стаціонарах у найсуворішій ізоляції. Першого такого хворого ["біореактора" варіанта "альфа"] при кожному поліпшенні виписували (здається, разів із п'ять, поки він не помер) – і я не чув, щоби з'явилися якісь рекомендації CDC або WHO з лікування таких хворих, які би враховували якраз їхню еволюційну небезпеку. Схоже, що сидять там вірусологи й епідеміологи, які ні чорта не розуміють в еволюції. Тому якщо новий варіант замінить "дельту" – і якщо він дійсно виник у хронічному хворому – то це буде на совісті дурнів, які вважають, що біологія зводиться до всяких молекулярних методів. І навіть якщо такої біди зараз не трапиться, все одно хворі на хронічний ковід підлягають суворій ізоляції – тому, що еволюційний ризик очевидний".
Залишається відкритим і питання про рівень вірулентності (патогенності) нового варіанта, тобто питання летальності викликаних них захворювань. І знову тривогу викликає різка динаміка зростання ковідної летальності в ПАР, порахована як середньотижневе число ковідних смертей у відсотках до середньотижневої кількості зафіксованих нових випадків ковідних інфекцій із лагом у 14 днів (середній термін від проявлення симптомів до смерті, якщо вона настає).
Заспокоює те, що подібний стрибок спостерігався в ПАР в березні-квітні цього року, і він не був пов'язаний із новим варіантом коронавірусу.
Незважаючи на те, що BioNTech Pfizer та Moderna запевнили, що можуть за необхідності швидко налаштувати свої вакцини для боротьби з новим варіантом, на ринках зчинилася паніка – пов'язана, правда, із загрозою не стільки нового варіанта, скільки нових локдаунів і спадом економічної активності.
27.11.2021